Este documento se concentra en el estudio de las diferencias salariales mediante la comparación de las distribuciones de los salarios para las siete principales ciudades colombianas en el periodo 2001-2005 con datos de la Encuesta Continua de Hogares. Se detectan diferencias significativas que se explican a la luz de la teoría del capital humano y de segmentación laboral; mediante la estimación de ecuaciones de salarios a partir de las características socioeconómicas de los trabajadores junto con efectos particulares para región y rama de actividad económica que resultan significativos dando evidencia de segmentación del mercado laboral en Colombia. El componente de los salarios que es particular a la región y a la actividad económica se explica a partir de variables macroeconómicas como el crecimiento económico, la dotación sectorial de factores, el costo de vida y el desempleo a nivel regional.