En los países en desarrollo, el desafío de producir conocimiento científico y desarrollar tecnologías modernas es inmenso. En Colombia, alrededor del 95% de la producción científica se lleva a cabo en las universidades. Utilizando una base de datos novedosa que permite identificar la cantidad y calidad de los productos científicos producidos por las universidades colombianas durante 2009-2015, este trabajo analiza la eficiencia de la producción científica en Colombia utilizando un modelo Data Envelopment Analysis (DEA). Los resultados indican que las universidades del país tienen una eficiencia promedio del 74%, con niveles más altos para las instituciones públicas (81%) en comparación con las privadas (66%). Este trabajo contribuye al estudio de la eficiencia en la producción científica en América Latina, donde la evidencia cuantitativa sobre este tema es casi inexistente.