Durante varias décadas, Colombia ha exhibido uno de los niveles más bajos de productividad total de los factores de América Latina en términos relativos frente a los países desarrollados, lo que se ha traducido en una gran brecha de ingreso. En este trabajo mostramos que instituciones y políticas públicas que distorsionan los precios relativos de los bienes y servicios al igual que de los factores productivos, tales como costos para operar en la formalidad, impuestos a las firmas más productivas y subsidios a las improductivas, barreras a la competencia, derechos monopólicos asignados para favorecer intereses particulares, por mencionar algunos ejemplos, pueden estar detrás de estas grandes brechas de productividad e ingreso. Empleando y unificando diversas fuentes de información tanto a nivel urbano como rural y recurriendo a las teorías económicas más recientes, mostramos que el efecto de esta clase de distorsiones es particularmente agudo en el caso del sector no-agrícola. En el caso del sector agrícola, instituciones y políticas que afectan a los agentes económicos de una forma homogénea (sin causar distorsiones en los precios relativos) resultan siendo más importantes. Si bien nuestro estudio no identifica precisamente qué políticas o instituciones específicas están detrás de las brechas, sí resalta el enorme costo económico que implican para la sociedad.